Nein, ich glaube nicht, dass "interne" Klärungen da immer angebracht sind,

bei so einem Thema finde ich es gut, dass Jugendamt zu informieren.
Sonst regen sich die Leute auf, wenn das Jugendamt sich nicht kümmert. Ich finde es gut, dass die Mutter des Mädchens sich ans Jugendamt wendet, wenn ein 12jähriger einem kleinen Mädchen seinen Penis zeigt, läuft in meinen Augen was ziemlich schief und "harmlos" finde ich das nicht.

Aber du hast recht, man weiß nicht genau, wie es zu dieser Situation kam, ist natürlich hier Spekulation.
Trotzdem sollte ein Junge in dem Alter wissen, dass er so was nicht machen kann. Insofern ist es vielleicht angebracht, da mal genauer "hinzugucken".