Anmelden kann man in nur einem, auf die Warteliste setzen in mehreren!

Ganz genau. Was auch geht (jedenfalls hier) ist, in die Stadtverwaltung zu gehen und dort die Anmeldung für den Wunschkindergarten abzugeben. Gleichzeitig soll in der Stadt dann vermerkt werden, dass der Platz ab Tag X dringend benötigt wird und daher auch für die KiTas A,B und C ein Wunsch besteht, wenn in der KiTa der ersten Wahl kein Platz frei ist.

Der Platz steht dir ja rechtlich zu, im schlimmsten Fall müsst ihr fürs erste längere Fahrtwege o.ä. in Kauf nehmen, damit der Große erst mal einen Platz hat. Ein Wechsel kann ja zu einem späteren Zeitpunkt immernoch erfolgen, auch wenns nicht optimal ist.