Wie alt sind sie denn überhaupt?

Wenn sie noch sehr jung sind (< 3 / 4) würde ich sie nicht trennen, besonders wenn sie gleichgeschlechtlich sind.

Je jünger, desto mehr kommt es in der Fremdbetreuung auf Sicherheit und Ersatz für den Bindungsverlust zur Mutter an. Erst mit zunehmendem Alter werden Freunde und die Förderung der individuellen Interessen wichtig.

Ich denke, sie könnten einander bei diesem Übergang zunächst eine Stütze sein.
Wenn ich an deiner Stelle wäre, würde ich sie im Kindergarten eher zusammen lassen und in der Schule, wenn irgend möglich, trennen.

Im Kindrgarten getrennt und in der Schule gemeinsam fände ich kontraproduktiv.