Junge schwänzt wohl Schule, ich soll jetzt rausfinden warum!

Das wichtigste wurde ja bereits gesagt.
Auf keinen Fall sollst Du Dich da einmischen in Deiner Funktion als ELTERN- Vertreter.

Wenn die Schule hier ein Problem sieht, hat sie diverse Möglichkeiten. Erster Schritt wären Gespräche Lehrer/Eltern, dann Rektor/Eltern, dann ggf eine Attestpflicht.

Das ist Sache der betroffenen Familie und der Schule bzw des KiA.

Für mich klingt es nach Deiner Erzählung, als hätte er psychosomatische Bauchschmerzen, schafft es nicht, in die Schule. Mittags wenn keine Schule ist oder am WE sind diese Schmerzen dann weg.
Das ist leider gar nicht so selten, die Kinderärzte aber auch die Schulen können damit ganz gut umgehen, bzw sollte die Schule wissen, was zu tun ist.