Nur die Ruhe.

Also, erstmal beruhige Dich selber wieder ein bisschen und dann informier Dich nochmal genau, was und wann die KiÄ impfen möchte - vielleicht wurde es Dir ja auch in der Klink erklärt.
Auf keinen Fall hat Dein Sohn für zwei oder drei Minuten keine Luft bekommen - auch wenn es Dir solange vorgekommen sein mag. Kein Kind kann sich "wegschreien", der Atemreflex setzt automatisch wieder ein - beschleunigen kannst Du es, indem Du ihm kräftig ins Gesicht pustest (löst den Luftholreflex aus).
Ebenso wird die Ärztin definitiv nicht sechs mal dasselbe impfen. Frag noch einmal bei ihr nach, sicher warst Du selber zu aufgeregt und hast da was verwechselt.

Meine sieben Kinder sind alle nach Stiko-Empfehlungengeimpft, zusätzlich FSME, Meningokokken und tw. Grippe - mehr als eine Verhärtung/Rötung an der Impfstelle, auch mal ca. handtellergroß, hatten wir nicht an Nebenwirkungen. Bei MMR gab es bei einigen etwas Fieber oder auch mal Impfmasern/Impfwindpocken. Aber lieber diese Unannehmlichkeiten als dass das Kind an einer vermeidbaren Krankheit erkrankt und u.U. schwere Schäden davon trägt.