Ich bezweifle nicht, dass es Kinder gibt, die durch diese Methode Problem haben

so wie andere Kinder durch andere Methoden Probleme haben. Das sollte man bei dieser ganzen Diskussion nicht vergessen.
Und zur Ergotherapeutin kommen natürlich nur Kinder, die Probleme haben. Ich weiß jetzt nicht wie viele Grundschulen bei ihr im Umkreis sind, aber auch die Häufung einer bestimmten wäre keine Indiz dafür, dass es dort schief läuft, sondern vielleicht eher eine geografische Aussage oder ein Zeichen für Mundpropaganda. Wen es eine ernstzunehmende Therapeutin ist, dann arbeitet sie ohnedies mit der Schule zusammen. (Dazu passen aber solche Aussagen wieder nicht).
Es gibt KEINE Methode, bei der es nicht Kinder gäbe, die damit Probleme haben.
Bei uns wird sehr wohl korrigiert, je nach Entwicklungsstand der Kinder, aber eben nicht alles auf einmal.
Wenn ein Kind z.B. schreibt "Fara", dann wird auf die richtige Sprechweise hingewiesen.
Es kommt auch (zumindest bei uns) in der 2. Klasse das Stammprinzip, so dass dann "fahren" bekannt ist.
Im Übrigen entwickelt sich Rechtschreibung laut mehrerer anerkannter Wissenschaftler in Stufen, an deren Anfang eben die steht, in der man schreibt, wie man spricht. Die Kinder, die Probleme haben, kommen nicht über diese Stufe hinweg. Endungen verschlucken , da fehlt es eben auch noch auf dieser Stufe beim Lesen.
Aber vielleicht hat ja deine Ergotherapeutin ein besseres Modell, wie Schriftspracherwerb funktioniert.
Lösung habe ich keine, aber frag doch mal Franz Josef Neffe, der hat für alle Schulprobleme eine Lösung. (sagt er zumindest)