Nö, das ist nicht naiv.

Das RKI geht von 10-15 Jahren aus, wenn die Impfung im Säuglingsalter erfolgt.
Warum es keine Stikoempfehlung für Hep A und B mit 18 Jahren gibt? Das weiß ich nicht. Kosten?
Kein Medikament wirkt zu 100%, bei der MMR Impfung kommen genetische Ursachen in Frage oder auch, dass der Impfstoff z.B. beim Arzt falsch gelagert wurde. Wenn man MMR zu früh impft (6-9 Monate), kann es sein, dass die abgeschwächten Viren durch noch zirkulierendes mütterliches IgG direkt eliminiert werden und dann natürlich auch keine Immunität ausgebildet wird. Das ist aber im Impfkalender berücksichtigt. 95% Response ist eigentlich ein ziemlich guter Wert für eine Impfung.
Das Immunsystem von Kindern funktioniert in einigen Bereichen anders als das eines Erwachsenen (wobei nicht immer zwangsläufig schlechter). Kinder unter 2-Jahren können aber z.B. keine gute T-Zell unabhängige Antikörperantwort machen, eine effektive Impfung mit z.B. Kapsel-Polysacchariden ist bei Ihnen deshalb nicht möglich. Da muss man sich behelfen (Protein-Carrier etc).
Was müsste Dein Arzt denn Deiner Meinung nach anders in der Impfaufklärung machen? Mein KiA klärt mündlich und mit den kleinen, grünen Heftchen über Risiken auf und ich finde, mehr kann man da nicht verlangen. Die Entscheidung, ob man einem Expertengremium traut oder nicht, müssen Eltern letztlich alleine treffen.