Also kanns jeder machen wie er will ?

Das ist letztlich eine Auslegungssache. Wie wird mit der erfassten Zeit umgegangen? Das kann in einer Betriebsvereinbarung oder auch durch betriebl. Übung geregelt werden.
Ich bin ja auch im öD, allerdings machen wir die Zeiterfassung manuell. Ich erfasse nur die geleistete Arbeitszeit pro Tag. Da können dann auch mal 2 Stunden Mittagspause drin sein oder auch gar keine Pause. So umgeht mein AG die tatsächliche Erfassung der Pausen.

Also: rechtlich vorgeschrieben ist nur die Pausenzeit pro Zeitabschnitt. Wie der AG die Pause dann aber ausrechnet, ist rel. dehnbar. Von daher sind alle von dir genannten Systeme rechtlich vertretbar.

Gruß, Speedy