Kennt sich jemand damit aus??

Vielleicht hat es steuerliche Gründe. Offensichtlich zahlt dein Freund aber keine Vergünstigte Miete (von Verwandten muss man mindestens die Hälfte der ortsüblichen Miete nehmen), wenn du dann das gleiche zahlen sollst, denn da du nicht offiziell zur Familie gehörst (durch Heirat), müssen sie von dir eine ortsübliche Miete nehmen.
Im Falle einer Trennung würdest eh du das Feld räumen, wenn das Haus seinen Eltern gehört.
Ich könnte mir höchstens noch vorstellen, dass es seinen Eltern nicht gefällt, dass er alle Mietkosten trägt und du quasi mietfrei wohnst und sie das mit einer solchen Regelung selbst ausgleichen wollen...
Frag sie doch, warum sie unbedingt zwei Mietverträge wollen!