Hat hier jemand Ahnung von Steuererklärung per PC-Programm und Differenzen?

Wir haben, eigentlich wie jedes Jahr, unsere Steuererklärung per PC gemacht. Das Programm hat uns am Ende gefragt, ob wir getrennt oder zusammen veranlagt werden wollen. Laut Programm war die getrennte Veranlagung die bessere Alternative. Zusammen gäbe es insgesamt 1200 € zurück und getrennt 1500 €. Also haben wir uns für die getrennte Veranlagung entschieden.

Nun kam der Bescheid vom Finanzamt und der Schock. Mein Mann bekommt 500 € zurück und ich soll 1000 € nachzahlen! Das ist eine Differenz von 2000 €.
Wie kann das sein? Es kann doch nicht sein, dass sich das Programm so verrechnet hat, oder? Und vorallem.......Seit wann muss man bei 4/4 Steuern nachzahlen? Auf den ersten Blick können wir auch nicht erkennen, woran das liegt. Wir haben aber auch nicht soooo viel Ahnung davon......

MfG