Auf keinen Fall aufstocken!

Kann er den vollen Kindesunterhalt sicher stellen mit dem geringen Unternehmergehalt?

Man muss ja davon ausgehen, dass er insgesamt mindestens 1.300 Euro Netto verdient, wenn er den zahlen kann.
Das verringert ja den Differenzbetrag zu Deinem Gehalt und damit einen eventuell zu zahlenden Unterhalt.

Wenn dem so ist, dass das FA vermutlich dann nicht mehr mitspielt, dann solltet ihr auf jeden Fall in diesem Jahr schon getrennt veranlagt werden. Allerdings muss er dann raus aus der Wohnung. Sonst hängst Du in Lohnsteuerklasse 1 statt 2 fest.