Darf ich mal doof fragen...

40 Minuten finde ich keineswegs zu lang. Wir wohnen nur 600 m von der Schule entfernt und unser Sohn läuft natürlich (viele seiner Klassenkameraden mit ähnlich "langem" Schulweg werden allerdings gefahren).
Eine Viertelstunde reicht für ihn öft nicht aus, da er etwas trödelt, wenn er alleine geht. Wenn er gut drauf ist, schafft er es allerdings in knapp 7 Minuten. Das kann man in dem Alter noch nicht so richtig planen.
2 Km Schulweg finde ich zum alleine laufen noch recht lang. Ich würde sie noch eine Weile fahren, egal was die Rektorin sagt. Vorschreiben kann sie es Dir nicht.